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La rivière Kwë et le creek de la Baie Nord, dont les bassin versants accueillent l’essentiel des activités de la mine et de l’usine, ont particulièrement été impactés ces dernières années. La rivière Kwë a en effet subi depuis 2007 une pollution terrigène liée à l’activité minière concentrée majoritairement sur ce bassin versant : la mise à nu des sols a entraîné une hausse des apports en sédiments dans la rivière.
Le creek de la Baie Nord a subi plusieurs types de pollutions depuis 2001, notamment chimique et organique.
Ces rivières ont subi une pollution chimique chronique liée au stockage de résidus et autres activités industrielles situées sur ces bassins versants.
Au niveau physico-chimique, ces deux cours d’eau ont des eaux plus minéralisées que les rivières dites de « référence » : les concentrations en magnésium, potassium, sulfates, nitrates (pour les deux cours d’eau), sodium et chlorures (pour le creek de la Baie Nord) sont beaucoup plus importantes.
De plus, certains micropolluants ont été mis en évidence sur ces cours d’eau.
Leur qualité biologique est aujourd’hui qualifiée de mauvaise à très mauvaise au regard des inventaires faunistique en macro-invertébrés.