La construction d’un Faré et d’un ensemble d’équipements touristiques associés, ainsi que la mise en place d’un sentier sous-marin ont provoqué une augmentation de la fréquentation de l’Ilot Canard. Ces éléments ont conduit à mettre en place un suivi environnement du sentier sous-marin de l'Île aux canards, à l'initiative du CIE (Centre d’Initiation à l’Environnement) et sur recommandation de l'IFRECOR. La société PARALLEX a pris le relais en juillet 2003.
Les méthodes du suivi Reef Check ont été utilisées. Cette méthode consiste à mettre en place 2 transects d'échantillonnages distincts, parallèles au rivage, l'un à 2m de profondeur et l'autre à 4m. A chaque profondeur un rouleau de 100m, matérialisant le transect, est déroulé. 4 secteurs de 20m sont étudiés le long du transect. Le protocole prévoit la récolte successive de 4 types de données codifiées :
- échantillonnage des poissons :
- échantillonnage des invertébrés ;
- nature du fond ;
- description de la station.
2 sessions ont été réalisées (le 4 janvier et le 5 septembre 2004).