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Les établissements zoologiques, et donc les aquariums, participent depuis toujours à une meilleures connaissance de la faune par le grand public, et contribuent ainsi à sa protection, puisqu'on ne protège bien que ce que l'on connaît bien.
Cette mission fondamentale dépasse de beaucoup le simple fait de présenter des animaux. L'aquarium des lagons a mis en place des programmes pédagogiques spécifiques de sensibilisation et développe des actions ciblées dans ce domaine.
L'aquarium est un établissement public sous forme de syndicat mixte constitué de la Nouvelle-Calédonie, de la Province Sud et de la Ville de Nouméa.
Les objectifs de l'établissement découlent des grandes orientations fixées dans les statuts, à savoir :
- La gestion de l'aquarium
- La participation à la promotion, la protection et la conservation des différents milieux aquatiques de la Nouvelle-Calédonie
- La participation à la promotion touristique
- La participation à des programmes pédagogiques, de formation scientifique et de recherche
- La contribution à la diffusion de l'information scientifique et technique en la matière
- Le développement de relations de coopération avec des institutions et organismes homologues français, européens et étrangers.