Le réseau de suivi est imposé à l'industriel, les mesures sont effectuées sur 18 stations en 2008 puis 14 stations à partir de 2009. La fréquence varie selon les années : annuelle en 2008 et semestrielle à partir de 2009. Seule la ST16 située dans le port de commerce fait l'objet d'un suivi trimestriel.
L'eau de la colonne d'eau est analysée : salinité, température, turbidité, fluorescence et irradiance. Les sels nutritifs dissous sont mesurés : NH4, NOD-POD, NO2, NO3, PO4, SIO4